内分泌门诊是南京天佑儿童医院特色门诊之一，由国内著名内分泌专家领衔，专业诊治：儿童内分泌与遗传代谢性疾病，如：矮小症、性早熟、肥胖症、遗尿症等疾病。其中矮小症与性早熟是内分泌门诊特别常见和高发的疾病。南京天佑儿童医院内分泌门诊实行6+1诊疗模式，6大儿童康复中心加1个特色门诊，诊疗更专业;人性化童趣设计，提升孩子就医感受。特设自闭症医教康复部、语言发育迟缓康复部、智力障碍康复部、儿童脑瘫康复部、儿童学习困难情绪障碍心理行为康复部、儿童多动症抽动症康复部、儿童生长发育特色门诊。以爱为根基的病房N+1医疗服务体系创行业先河，特设童话主题病房、妈妈课堂、膳食营养餐厅、妈妈云厨房、爱心图书角、幸福家庭工作坊、医教上门等爱心服务。