华西医院中西医结合科成立于1956年。历经50年的建设和发展，在临床规模、医疗特色、技术力量、科学研究、教学和人才培养及工作条件等方面已居国内综合医院同类学科前茅。中西医结合科是国家中西医结合一级学科博士学位授权点、国家中医药管理局重点学科、全国综合医院中医药工作示范单位、四川省一级学科重点学科、国家药品(中药)临床研究基地。2009年教育部一级学科评估排名全国第三，2011年获评卫生部国家临床重点专科(中医外科)，2012年获评国家中医药管理局“十二五”重点专科(中医肺病科)。
中西医结合科现有各级医师34人，其中正高职称5人，副高职称7人。四川省名中医9人(含返聘)，博士生导师4人。科室返聘了13位教授从事临床业务指导、会诊、门诊以及临床药理基地技术指导等工作。首届“国医大师”郭子光教授，英国利物浦大学皇家医院研发总监、国家健康研究中心胰腺生化研究中心主任Sutton Robert教授，澳大利亚纽卡斯尔大学Hunter医学研究所呼吸研究中心主席、纽卡斯尔大学医学院科研副院长、全球哮喘防治创议(GINA)委员Peter Gibson教授等三位国内外顶级专家担任客座教授。学科带头人夏庆教授任中国中西医结合学会普外专委会副主任委员，中国中西医结合学会理事，四川省中医药技术高级职务评审委员会专家，四川省卫生厅、中医药管理局学术和技术带头人，四川省名中医，四川省有突出贡献的优秀专家。中西医结合科现有各级护士79人，其中副主任护师1人，主管护师3人，护师26人。
中西医结合科设病房、门诊、国家中药药品临床研究基地、中药药理研究室、痔瘘手术室等部门。病房现有床位170张，设中医外科、中医肺病科、中医针灸科、中医肛肠科、中医肿瘤科5个临床亚专业方向。门诊设中西医结合肝胆胰、呼吸、针灸、痔瘘、肿瘤等7个专病门诊。
中西医结合学科拥有四个明确、稳定的研究方向:中西医结合治疗重症急性胰腺炎和肠梗阻;慢性阻塞性肺疾病和哮喘的中西医结合防治;循证中医药及其在GCP中的应用;生物方剂分析药理学与毒理学。2010-2012年期间获得纵向科研项目39项，其中国家级项目12项，省部级项目27项，研究经费1369.61万元;发表论文168篇，其中SCI 收录63篇，Medline 收录21篇;授权专利6项;获得科技成果奖5项。学科近三年横向研究经费近千万元。
1、中西医结合治疗重症急性胰腺炎和肠梗阻
本方向是学科30余年坚持不懈的临床和科研方向。中西医结合治疗急性胰腺炎是在中医整体观念、辨证论治理论指导下，在国内率先运用中医热病理论概括急性胰腺炎的病因证候类型和病机传变规律，以卫气营血和脏腑辨证为基础，辨病与辨证、分期与分型相结合的辨证论治体系，形成了益气养阴、活血化瘀、清热解毒、通里攻下(简称“益活清下”法)四大主要治法治疗本病的理论及治疗原则。采取针药结合、中药内服与外敷共用、口服与结肠灌洗同施的多种中医药特色治疗手段，结合西医治疗技术和研究进展，形成了完善的中西医结合综合治疗方案。近8年(2003年-2010年)运用该方案综合治疗SAP的大宗病例分析，纳入SAP患者3390例，病死率降低至4%、手术率降低至8.2%，居国内外大宗病案的领先水平。同时病员的住院时间缩短，住院费用大幅降低。近5年(2008年-2012年)每年收治胰腺炎患者均超千例且逐年增加，成为国内最大的急性胰腺炎单病种治疗中心。有5位院士在内的评审专家认为该方向“在重大疾病的治疗中找到了中、西医治疗结合的切入点、并取得中医理论和治疗方法的突破。达到国际先进、国内领先水平”。 2004年获得四川省科技进步奖一等奖和中华医学科技进步二等奖。借鉴本优势病种建设的成功经验，不断完善中医药治疗肠梗阻的中医理论，优化“三期辨证论治体系”，近3年收治肠梗阻患者稳定在330例左右。2011年以该方向为依托的中医外科获评为“卫生部国家临床重点专科”，并成为中医药治疗急性胰腺炎的全国协作组牵头单位。围绕方案优化、中医药疗效证据、方剂的作用机制和药效的物质基础，开展了广泛深入的应用及应用基础研究，得到众多国家、省部级科技项目的资助。2010-2012年获得科研项目14项，其中国家级项目3项，省部级项目11项，研究经费725.6万元;发表论文39篇，其中SCI 收录17篇，Medline 收录4篇;授权专利1项;获得科技成果奖2项。
2、慢性阻塞性肺疾病和哮喘的中西医结合防治
本方向针对慢阻肺患者急性加重期和稳定期不同病机，提出了急性期“清热化痰降气”、稳定期“益气活血补肾”的综合治疗理论;针对哮喘病机，创新性提出“六淫-哮喘急性发作前窗口期”和“中医证候哮喘表型”的概念及假说，建立了综合防治哮喘的中医药新思路。先后获得四川省科技进步一等奖、卫生部科技进步三等奖、中国中西医结合学会科技进步二等奖、四川省科技进步三等奖等。以本方向为依托的中医肺病科2012年成为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位。本方向每年收治的COPD及哮喘患者数稳步增加，从气道炎症、粘液高分泌、免疫功能、药效物质基础、蛋白组学、表观遗传学等方面进行了广泛深入的基础、临床研究，充分显示了这些理论指导下的中西医结合疗效优势和基础研究成果。2010-2012年获得科研项目9项，其中国家级项目2项，省部级项目7项，研究经费145.01万元;发表论文33篇，其中SCI 收录9篇，Medline 收录1篇。
3、循证中医药及其在GCP中的应用
中药药物临床研究机构(GCP)于1998年经卫生部批准建立，是当时全国西医院校中仅有的两个中药药物临床研究机构。现包括中医呼吸、中医消化、中医肿瘤、中医脑病4个专业。同时本方向与我院中国循证医学中心合作，率先将循证医学的理念和方法，系统地推广和应用于中医、中西医结合研究领域。以循证医学为指导，开展中药GCP工作，为国内20余家制药企业提供服务，近3年完成药物临床试验30项，在研15项，任组长单位20项，总研究经费611.26万元，组长单位研究经费294.29万元。2010-2012年获得纵向科研项目7项，其中国家级项目2项，省部级项目5项，研究经费80万元;发表论文46篇，其中SCI 收录17篇，Medline 收录7篇;授权专利2项。
4、生物方剂分析药理学与毒理学
本方向拥有国家中药安全性评价中心(GLP)、中药药理研究室。GLP中心是国内唯一一家同时承担科技部、卫生部及国家发改委“实验动物繁育”、“疾病动物模型研发”、“新药临床前安全性评价”等技术平台建设的机构，是四川省国家中药现代化产业基地，承担着为我国新药(中药)安全性与有效性评价、药物创新研究和中药现代化服务的重要使命。中药药理研究室围绕疾病的发病机制和病理生理研究进展，以中药药动学、药效学、药物化学等方法为手段，研究中药有效方剂的药效物质基础及其治疗机理，进行源于中药的新药成分发现、修饰和改造，阐明复方的药效物质基础及其配伍规律，为中药复方的药效物质筛选开辟了全新道路和思路方法。2010-2012年获得科研项目9项，其中国家级项目5项，省部级项目4项，研究经费419万元;发表论文50篇，其中SCI 收录9篇;授权专利3项;获得科技成果奖3项。
中西医结合科融汇中西医术、博采众家之长、恪守“医乃仁术”之训，秉承“求实创新、学贯中西”的科训努力发展学科，竭诚为患者提供优质高效的医疗护理服务。