癫痫发作时缺氧的主要原因是脑部神经元的异常放电活动。癫痫是一种由脑部神经元异常放电引起的慢性脑部疾病，其发作时神经元异常放电导致脑部电活动紊乱。这种紊乱会导致呼吸肌肉痉挛、咬牙、舌头咬伤、甚至窒息等症状，从而引起缺氧。此外，癫痫发作时的抽搐也会影响心血管系统的正常功能，导致血液循环不畅，进一步加重脑部缺氧。因此，癫痫发作时缺氧的主要原因是脑部神经元的异常放电活动所致。