北京有名的男科医院有北京大学第一医院男科中心、北京协和医院男科、中日友好医院男科、中国人民解放军总医院男科、北京医院男科等。

1. 北京大学第一医院男科中心：作为国内较早成立的男科专业科室，该中心拥有一批经验丰富的专家团队，在男科疾病的诊断和治疗方面具有深厚的学术底蕴和临床经验，尤其在男性不育、前列腺疾病等领域处于国内领先水平。

2. 北京协和医院男科：依托北京协和医院强大的综合实力，男科在疾病诊治上注重多学科协作，为患者提供全面、个性化的治疗方案。其诊疗技术先进，对于各种复杂男科疾病的诊治有独特的优势。

3. 中日友好医院男科：该科室注重中西医结合治疗男科疾病，将传统中医的优势与现代医学技术相结合，在男性性功能障碍、生殖系统炎症等疾病的治疗上取得了良好的效果，深受患者信赖。

4. 中国人民解放军总医院男科：凭借军队医院的雄厚实力和严谨的医疗作风，男科在男科疾病的科研和临床治疗方面都有卓越的表现，在男性生殖健康、男科肿瘤等领域有深入的研究和丰富的治疗经验。

5. 北京医院男科：以优质的医疗服务和精湛的医术为特色，科室医生在男科疾病的诊断和治疗上具有较高的专业水平，能够为不同年龄段的男性患者提供精准的诊疗服务。

总之，上述这些北京有名的男科医院在男科疾病的诊疗方面各有特色和优势。患者可以根据自身的病情、需求以及医院的实际情况，选择适合自己的医院进行就诊，以获得更好的治疗效果。