甲肝疫苗自费与免费的区别在于支付方式和接种途径上。自费甲肝疫苗需要个人支付费用，通常在私人医疗机构或门诊购买接种。而免费甲肝疫苗则由政府提供，通过公共卫生部门或指定医疗机构免费接种。此外，免费甲肝疫苗通常针对特定人群，如疫情地区的居民、高风险职业人员等，而自费疫苗则无此限制。总之，免费甲肝疫苗通过政府提供，目的是推动疫苗普及，保障公众健康;自费疫苗则为个人选择，可根据需求在合适的机构购买。