月经干净后小腹痛、腰酸可能是生理现象，也可能与附件炎、盆腔炎等病理因素有关。

月经期间，由于体内雌孕激素的变化，会引起子宫平滑肌收缩，进而产生轻微的腹部及腰部不适。如果月经结束后仍然存在上述症状，则需要考虑是否存在附件炎、盆腔炎等疾病。这些疾病会导致生殖系统组织发生炎症性病变，引起局部渗出增多和组织水肿，从而引发下腹部坠胀、疼痛以及腰部酸痛等症状。建议进行相关检查以确定具体病因，并接受相应治疗。

月经结束时出现腹痛和腰酸可能还与子宫内膜异位症、宫颈炎等因素有关。针对不同的原因，治疗方法也有所不同，因此需排除其他潜在病因。

在关注月经周期变化的同时，应留意腹痛和腰酸的程度和持续时间。若症状影响日常生活或伴有异常出血等情况，应及时就医以便获得适当的诊断和治疗。